Behoud van variatie

Evenals er processen zijn die leiden tot het verdwijnen van bepaalde allelen, zijn er processen die dat verdwijnen tegengaan.

Fysieke scheiding
Als een soort wordt verdeeld over verschillende populaties, kan het uitsterven van allelen in de ene populaties soms gecompenseerd worden door het uitsterven in de andere. Als in de ene populatie de bruine honden uitsterven en in de andere de zwarte, is het voortbestaan van beide allelen gegarandeerd zolang niet één van de populaties zelf uitsterft. Bij een voldoend groot aantal populaties is de kans dat in alle hetzelfde allel uitsterft verwaarloosbaar klein.
Wisselende omgevingsfactoren
In populaties Afrikaanse buffels komen twee verschillende Y-chromosomen voor. Mannetjesbuffels met het ene chromosoom zijn succesrijker in natte jaren, en de andere in droge jaren. Doordat tot voor kort perioden met natte en perioden met droge jaren elkaar afwisselden, bleven beide chromosomen in de populatie aanwezig. We mogen aannemen dat als door klimaatverandering de neerslag constanter wordt, één der chromosomen succesrijker zal blijken dan de concurrent, en deze uit de populatie zal verdrijven.
Daar toekomstige factoren vaak onbekend zijn is het dikwijls moeilijk te voorspellen of een situatie tot behoud of verarming leidt. De bosuil (Strix aluco) heeft een grijs (recessief) of bruin (dominant) verenkleed, en sinds enige tijd wordt in Finland de vroeger overheersende grijze bosuil verdrongen door de bruine bosuil. Mogelijk komt dit door de vermindering van de hoeveelheid sneeuw — met sneeuw is de grijze, zonder de bruine beter gecamoufleerd, maar wellicht zijn er nog andere factoren in het spel, bij voorbeeld een netwerk. Daar noch deze factoren, noch de toekomst van het klimaat met zekerheid bekend zijn, valt niet te voorspellen of één van beide allelen het ander zal verdringen.
Overigens hoeft de wisseling niet in de tijd plaats te vinden: een omgeving met plaatselijk verschillende eigenschappen kan ook voor behoud zorgen, doordat bij voorbeeld het ene allel in het laagland, en het andere in het hoogland voordeel biedt.
Een duidelijk voorbeeld is de zalm (Oncorhynchus), die in talloze rivieren, en binnen elke rivier op soms honderden verschillende locaties paait. Al die populaties zijn gescheiden, en hebben eigen kenmerken die die vorm geschikt maken voor precies díe reis, van díe lengte, door water van díesamenstelling, díe temperatuur en díe zuurgraad, díe stroomsterkte, dát verval, met díe predatoren, en zo voort. Aan het DNA van een in zee gevangen zalm kan in detail de paaiplaats worden afgeleid. (Dit maakt de zalm overigens tegelijk zeer gevoelig voor verandering in die omstandigheden, zoals vervuiling en klimaatverandering. Als meer zalmen willekeurig een andere rivier zouden kiezen zouden de (onder)soorten als geheel meer kans op overleven hebben.)
Lerende predatoren
Stel dat honden jagen op zwarte en op bruine ratten. Als er voornamelijk zwarte ratten zijn, zullen ze erop getraind raken die te herkennen, en zijn bruine ratten relatief veilig. Dit houdt de beide rattenpopulaties in evenwicht.
Complements­voordeel
Als grote honden moeite hebben met kleine prooidieren en andersom, is het voordelig tot de kleinste groep te behoren: als de meeste honden groot zijn zal het zeldzame kleintje naar verhouding veel prooi vinden: de grote honden betwisten elkaar de grote prooien, en het kleine hondje heeft een keur aan kleine prooien. Daardoor zullen die paar kleine honden zich meer voortplanten, en wordt de wanverhouding weer rechtgetrokken. Evenzo zullen grote honden, als die in de minderheid zijn, zich meer voortplanten.
Ook aan de prooidierkant werkt dit: als grote prooidieren zich vermeerderen zal dit leiden tot meer grote honden en minder kleine, zodat kleine prooidieren een concurrentievoordeel krijgen, en de verhoudingen weer rechttrekken.
Deze twee effecten kunnen tegelijk optreden, als zowel de predatoren als de prooidieren onderling concurrenten zijn, maar ze kunnen ook afzonderlijk optreden.
Onderlinge interactie
((Uitwerken: attractoren leiden tot dekpuntsposities waarin verschillende versies voorkomen. Een eenvoudig voorbeeld: een voorkeur voor een exotische (= met zeldzame genen) partner. Ingewikkelder: duiven en haviken binnen de groep. Richard Dawkins geeft veel voorbeelden in zijn The selfish Gene. Die dekpunten worden overigens vaak niet bereikt of zelfs maar benaderd — dan ontstaat chaos.))

((Te doen: AB0-­bloedgroepgenen blijven bestaan doordat A en B tegen verschillende vormen van diarrhee bescherming bieden, maar enkel AB tegen cholera beschermt. 0 blijft bestaan omdat het enigszins tegen malaria beschermt. Door partner­selectie blijven genen behouden: mensen zoeken feromonaal partners die verschillen in zo veel mogelijk ‥-genen.))