Het derde type

In wezen hebben we het model te eenvoudig voorgesteld. Er is het genotype, het fenotype, en het verschil in geschiktheidꜛ. Dit laatste is afhankelijk van de leefwijze en de omgeving. Een kleine verandering in formaat van een snavel kan maken dat een bepaalde soort graankorrels niet meer gegeten kan worden en het individu overlijdt, en omgekeerd kan een radicale verandering in vorm van een zeeslak misschien zonder selectie-effect blijven.

Radicale vormveranderingen zijn bij dieren nagenoeg altijd dodelijk (ogen waar poten zouden moeten zitten), maar bij planten niet. Zolang het basale systeem van wortels en bladgroen behouden blijft kan er veel gebeuren. Vegetatieve voortplanting maakt zeldzaamheid of zelfs afwezigheid van vruchtbare bloemen mogelijk (bananen zetten geen zaad), verandering in vorm, plaatsing of formaat van bloemen betekent meestal slechts dat andere insecten de bestuiving zullen doen, verandering in habitus (bladstand, grootte, vertakkingsgraad, houtigheid) betekent dat een andere niche gezocht moet worden.

De reden is dat planten een fractale structuur hebben, zo groeit uit een knop een onderdeel waaruit vaak weer nieuwe knoppen groeien, en de details van het resultaat zijn niet vitaal. Één eik kan een rijkvertakte majestueuze boom zijn, en een ander een klein schraal heestertje, zonder dat daar een genetisch verschil aan ten grondslag ligt. De fractale vorm wordt gestuurd door zogeheten mastergenenꜛ, die regelen welke andere genen waar tot uitdrukking komen.

• Het leafy-genꜛ is zo'n mastergen — waar het aanstaat verhindert het vertakking. Voeg dit toe aan het genoom van een boom (met een promotor die maakt dat het altijd aan staat), en de boom wordt een klein éénjarig plantje zonder vertakkingen en met maar één bloempje — zelfs als de oorspronkelijke boom katjes had met ieder een honderdtal bloemen.
• Het cauliflower-genꜛ zorgt dat uit bloemcellen bloemen komen. Staat het uit, dan groeien aan die cellen eindeloos nieuwe bloemcellen (stamcellen), zodat de kenmerkende bloemkoolstructuur ontstaat.
• Het evergreen-genꜛ zorgt dat op een groeipunt een zijtak ontstaat, en de hoofdtak tot bloeistengel uitgroeit. Dit levert de kenmerkende zigzagvormige bloeiwijze op die we zien bij onder meer de petunia. Petunia's zonder werkend evergreen-gen krijgen nooit bloemen (vandaar de naam van het gen). Komen de mastergenen voor bloemvorming in de zijtak tot uitdrukking, dan ontstaat een aar.

Van die mastergenen voor de bloemvorming zijn er drie, Mads-box Aꜛ, Mads-box Bꜛ en Mads-box Cꜛ. In een vroeg stadium bestaat een bloem uit een aantal concentrische celringetjes, waarin de verschillende Mads-boxgenen tot uitdrukking komen: in het centrum alleen C, en daaruit ontstaat de stamper. Daaromheen C en B, en die combinatie levert meeldraden. Daar weer omheen B en A, met kroonbladen als gevolg, en helemaal aan buitenkant alleen A, wat tot kelkbladen leidt. Variaties in het aantal ringen en de reikwijdte van de Mads-boxgenen leiden tot gevulde bloemen, dubbele rijen kroonbladen, éénslachtige bloemen, en zo voort.

Op vergelijkbare wijze kan het aan- of uitzetten van één gen maken dat wortels groeien waar normaal bladeren verschijnen, bepalen twee genen of een zandraket (het fruitvliegje onder de planten) het normale eenjarige plantje wordt of een forse meerjarige struik, en zo voort. Verschillende planten lijken eenvoudigweg variaties op een rijk schema — want ook al die groene onkruidjes weten dus hoe ze een houtige stam moeten maken. Merk op dat die mastergenen niets zeggen over hoe een blad, een meeldraad, of een wortel gebouwd moeten worden — ze vertellen slechts waar dat moet gebeuren. Het is niet zo dat kroon- en kelkbladen zijn ontstaan doordat het Mads-box-A-gen ontstond, want dat gen doet niets als er niet al een mechanisme is dat klaarstaat om, als het het door dat gen geproduceerde hormoon ontvangt, kroon- en kelkbladen te gaan maken. Zonder dat mechanisme is het gen zinloos, en andersom.

Het is een beetje alsof iemand ooit heeft besloten „Laat er planten zijn”, en de complete rijkdom aan plantvormen verzonnen heeft, en vervolgens allerlei individuele plantvormen heeft doen ontstaan door met een handvol mastergenen te spelen. Als alle mastergenen in eerste instantie aan stonden kan die variëteit zelfs in zeer korte tijd door uitval zijn ontstaan.